De mannlige kjønnsorganene inkluderer to testikler, som henger i en sekk (pungen, scrotum), og penis. Kjønnsorganene er nært knyttet sammen med de mannlige urinveiene. En forstyrrelse i det ene systemet kan gi symptomer også i det andre systemet. Hver testikkel er en kjertel som produserer sædceller (spermier) og det mannlige kjønnshormonet testosteron. En lang slynget kanal kalt bitestikkelen (epidydimis) befinner seg bak hver testikkel. Spermier produseres fortløpende i hver testikkel. Spermier passerer inn i bitestikkelen hvor de modnes over en 2-3 ukers periode før de passerer gjennom sædlederen og sædblærene (seminalvesiklene) som fungerer som et lagringssystem.

Under det seksuelle klimaks (orgasmen) passerer spermier fra sædblærene inn i urinrøret og sprøytes ut sammen med sædvæske fra sædblærene. Urinrøret som går fra urinblæren og gjennom penis, er utførselsgang både for urin og sæd. I forbindelse med vannlating lukkes passasjen inn til sædblærene og ved sæduttømming (ejakulasjon) lukkes den øvre delen av urinrøret.

Spermiene utgjør bare en liten del av sæden, som er sammensatt av sekret for ulike kjertler. Sekretet bidrar til å mobilisere og ernære spermiene og gir dem ekstra næring til deres ferd gjennom de mannlige og kvinnelige kjønnskanalene. Den største av disse kjertlene er prostata, som omkranser den øvre del av urinrøret der urinrøret forlater urinblæren. Prostataproblemer kan derfor påvirke både kjønnsorgansystemet og urinveissystemet.

Urinrøret er mye lengre hos mannen enn hos kvinnen. I penis er urinrøret omgitt av et svampliknende, svært blodrikt vev som muliggjør ereksjon når blod forbigående fyller svampvevet. Lengden av det mannlige urinrøret utgjør en effektiv beskyttelse mot infeksjoner i urinveiene og i kjønnsorganene. Slike infeksjoner er således sjeldnere blant menn enn blant kvinner.

Sykdommer i de mannlige kjønnsorganene og nedre urinveier deles enklest inn etter hvilken anatomisk struktur som er syk: Testiklene, bitestikkelen, pungen, sædlederen, prostata, urinblæren eller penis.