En allergi opptrer når kroppen reagerer på stoffer den ikke kan tolerere. Stoffer som trepollen eller støvmidd, kalles miljø-antigener, eller bare allergener, og er vanligvis harmløse. Men immunsystemet hos en person med allergi kan oppfatte allergenene som skadelige.
Hvis en person er allergisk mot pollen for eksempel, og blir utsatt, eksponert, for dette allergenet, så skjer følgende i kroppens immunsystem:
Etter kroppens første kontakt med et allergen, danner de hvite blodcellene antistoffer, spesielt det som kalles IgE antistoffer, som forbereder immunsystemet på neste møte med det samme allergenet. Den første eksponeringen for pollen vil altså ikke gi noen ytre allergisymptomer, men inne i kroppen vil IgE-antistoffer knytte seg til mastceller. Mastceller er celler som kan finnes i luftveiene, i magetarmkanalen og i huden.
Under neste og senere eksponeringer for pollen, vil allergenet reagere med IgE-antistoffene og frigjøre kjemikalier som histamin fra mastcellene, og på den måten fremkalle allergisymptomer som rennende nese, vandige øyne og nysing.
Det finnes mange typer allergier, som hudallergi og matallergi, og mange forskjellige typer allergiske reaksjoner som kan variere fra utslett til brekninger og diaré.