Etter at maten har passert magesekken, ankommer den tolvfingertarmen (duodenum). Dette er tynntarmens øverste og korteste del. I tolvfingertarmen blandes maten med bukspytt og galle slik at nedbrytningen av føden fortsetter. I tillegg foregår det absorpsjon av næringsstoffer her.
Bukspyttets funksjoner

Bukspyttet dannes i bukspyttkjertelen (pankreas). Denne er en lang og tynn kjertel som ligger like nedenfor magesekken mot bakre bukvegg. Kjertelen produserer hormonene insulin og glukagon som er viktige i reguleringen av blodsukkeret, samt bukspytt som spiller en sentral rolle i fordøyelsen. I motsetning til spyttet i munnhulen som bare spalter karbohydrater, og magesaften i magesekken som kun spalter proteiner, inneholder bukspyttet enzymer som spalter både karbohydrater, proteiner og fett. Bukspyttets enzymer står for en så stor del av nedbrytningen av maten at de nesten kunne klart seg uten hjelp fra andre enzymer og sekreter i fordøyelseskanalen.
Enzymenes virkning på de ulike næringsstoffene
Karbohydrater: Nedbrytningen av karbohydrater foregår hovedsakelig ved hjelp av enzymet alfa-amylase i bukspyttet. Dette enzymet finnes også i spyttet i munnhulen, men det får ikke like stor effekt her som i tynntarmen. Årsaken til dette er at maten oppholder seg mye kortere tid i munnhulen slik at det er begrenset hvor mye enzymet får brutt ned.
Proteiner: Bukspyttet inneholder også mange enzymer som bryter ned proteiner, blant annet trypsin, chymotrypsin, karboksypeptidase A og B og elastase. Enzymene skilles ut som proenzymer, det vil si at de skilles ut i inaktiv form. Dette hindrer at enzymene bryter ned cellene i bukspyttkjertelen eller kjertelens utførselsganger på sin vei til tolvfingertarmen. Enzymet trypsin spiller en nøkkelrolle i og med at det aktiverer mange av proenzymene i tolvfingertarmen til aktive enzymer.
Fett: Nedbrytningen av fett foregår nesten utelukkende i tynntarmen. Enzymet pankreatisk lipase er her viktig. For at enzymet skal fungere optimalt, trenger det imidlertid hjelp av gallesalter.
Andre funksjoner: I tillegg til å inneholde enzymer som bryter ned maten, inneholder bukspyttet mye bikarbonat (HCO3-). Dette fører til at bukspyttet blir basisk. Den sure maten som kommer fra magesekken til tolvfingertarmen, blir dermed nøytralisert slik at ikke slimhinnen i tolvfingertarmen skal bli ødelagt. Dessuten er den høyere pH-verdien viktig for at enzymene i tolvfingertarmen skal ha optimale arbeidsforhold.
Gallens funksjon

Galle produseres i levercellene og transporteres til galleblæren (som ligger på undersiden av leveren) eller til tolvfingertarmen. En viktig komponent i gallen er gallesalter. Disse har flere funksjoner, men to sentrale er:
- Å emulgere fett i tarmen. Dette fører til at de store fettdråpene som kommer fra magesekken til tolvfingertarmen til en viss grad løses i væsken slik at det dannes mindre fettdråper. På denne måten kommer enzymer som pankreatisk lipase i kontakt med en større flate av fettdråpene slik at de lettere brytes ned til enda mindre biter.
- Å danne miceller, sammenpakkinger av like molekyler, som frakter nedbrytningsprodukter av fett til tarmcellene slik at de kan absorberes. Gallesaltene danner miceller som består av en fettløselig og en vannløselig del. Fettløselige deler til gallesalter har en tendens til å søke mot hverandre slik at de får minst mulig kontakt med væsken i tarmen. De vannløselige delene ligger derimot ut mot væsken/ vannet. På denne måten dannes det en liten rund ball hvor fettmolekylene transporteres i midten bundet til de fettløselige delene. Fordi det er vannløselige molekyler på utsiden, kan micellen fraktes fritt rundt i væsken i tarmen.
I forbindelse med et måltid kan galleblæren trekke seg sammen slik at gallen kan vandre gjennom galleganger til tolvfingertarmen. Mellom måltidene derimot, lagres den produserte gallen i galleblæren. Gallen og bukspyttet blandes når de går inn i sin felles gang til tolvfingertarmen.
Hormoner utskilt fra tarmen
Tarmcellene i tolvfingertarmen skiller blant annet ut hormonene sekretin og cholecystokinin. Sekretin skilles ut når det blir lav pH i tolvfingertarmen og virker ved at det stimulerer bukspyttkjertelen til å produsere mer bikarbonat. På denne måten senkes pH-verdien i tarmen. Cholecystokinin derimot, skilles ut når fett og proteiner ankommer tolvfingertarmen. Hormonets funksjon er å stimulere bukspyttkjertelen til å skille ut enzymer som kan bryte ned disse.